违法。公司通过扣除职工部分工资的方式发放年终奖是属于克扣工资的行为，违反劳动法的规定。

　　《中华人民共和国劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

　　《劳动法》第五十条规定：“不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”《工资支付暂行规定》也明确规定：“用人单位不得克扣劳动者工资。”根据以上规定，在一般情况下，用人单位不得扣发劳动者的工资，否则即侵犯了劳动者获取劳动报酬的权利。

　　但是，这并不是说用人单位就不能扣发劳动者的工资。根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动者合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%.若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”因此，职工工作失误对单位造成损失可扣发工资，但必须按上述规定扣发，不能扣发劳动者的全部工资。

　　年终奖是“工资总额”中的一部分，但较为灵活，一般来说是否发放年终奖属于用人单位的管理自主权，用人单位可以决定是否发放及发放金额，除非另有约定或规定。

　　目前企业发放年终奖的形式很多，不仅有现金，也有实物，甚至是旅游等替代性的福利，这里讨论的只是现金形式的年终奖，大概可分为三种：一种是有明确约定的，发放金额固定或奖金发放规则在劳动合同等文件中有载明的，诸如年薪制；第二种是有规章制度规定的，是有明确规则的，通过综合计算企业效益、部门绩效、个人绩效等方法计算得出年终奖数额，大公司往往基于管理标准统一的需要而采取这类，诸如年终绩效；还有一种属合同及制度都没有明确约定的，给不给，给多少，完全取决于老板，多见于中小企业，诸如“发红包”。

　　以上就是小编为大家整理的关于通过扣工资发年终奖违法吗的相关内容，希望对您有所帮助。劳动者可以去劳动保障行政部门举报，对于用人单位有克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬行为的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿。大家如果还有其他法律问题，欢迎上咨询平台，在线律师会为大家进行专业的解答。