老总入狱了追讨薪水可以申请劳动仲裁或是提到民事案件。老总尽管入狱了，可是其欠付的薪水并不因入狱而免去，员工可以递交相关的直接证据申请劳动仲裁，拒不执行仲裁结果的，可以提到民事案件，转换为商家的个人债务纠纷，申诉成功后可依据民事判决結果申请强制执行户下资产。

《劳动合同法》第八十五条：公司单位有下述情况之一的，由工作行政机关勒令期限付款劳务报酬、加班工资或是经济补偿金；劳务报酬小于本地最低工资的，理应付款其差值一部分；贷款逾期不付款的，勒令公司单位按应收额度百分之五十以上百分之一百下列的规范向员工加付赔偿费：

（一）未依照劳动合同书的承诺或是国家规定立即全额付款员工劳务报酬的；

（二）小于本地最低工资付款员工薪水的；

（三）分配加班加点不付款加班工资的；

（四）消除或是劳动合同解除，未按照本政策法规定项员工付款经济补偿金的。