员工福利设置会计科目为:应付员工薪酬。是由于以下原因：

应付员工薪酬是企业根据有关规定应付给员工的各种薪酬,依照"工资,奖金,津贴,补助"、"员工福利"、"社会保险费"、"住房公积金"、"工会经费"、"员工教育经费"、"解除员工劳作联系补偿"、"非货币性福利"、"其它与获得员工提供的服务相关的支出" 等应付员工薪酬项目进行明细核算。

企业依照有关规定向员工付出福利费等,借记"应付员工薪酬--福利费"科目,贷记"银行存款"、"库存现金"等科目,企业从应付员工薪酬中扣还的各种金钱(代垫的家属药费、个人所得税等),借记"应付员工薪酬"科目,贷记"银行存款"、"库存现金"、"其他应收款"、"应交税费--应交个人所得税"等科目。